综合办公室。负责中心党委、行政日常事务；承担文秘、信息、宣传、信访、保密、会务等工作；负责对外宣传工作和接待工作，协助党委指导中心各党支部和团委工作。

资产财务科。承担中心财务和资产管理工作。拟订有关财务、资产管理规章。负责年度预决算、资产采购和国库集中支付有关工作；负责国有资产保值增值；负责资产经营责任制度的落实及其考核工作。

纪检审计科。监督检查中心贯彻执行国家法律法规、有关政策和中心规章制度情况，承担党风廉政建设和反腐败工作；负责中心干部职工的纪检、监察、审计工作；对中心重大经营活动、重大项目等进行监察。

干部人事科。承担中心组织人事、离退休、工会工作；执行国家规定的干部人事、劳动、工资、保险福利各项政策制度；负责中心人事档案清理、完善及管理工作。

总工程师办公室。贯彻执行国家法律法规及技术标准、规程规范，负责中心技术质量、公益性项目和科技创新管理；负责资质建设、技术人员资格证书、档案管理。

安保物业科。负责安全生产的监督管理、检查、考核和安全宣传、培训工作；负责综合治理、消防和公务用车管理。负责单位物业相关管理。

分析测试所。承担地质勘查项目样品的分析测试，依据国家相关法律法规和标准要求，开展岩石矿物、水质、土壤、农作物、肥料、煤质等样品的分析测试。

综合地质所。承担地质勘查和综合科研类项目的实施工作；承担固体矿产勘查、矿业权服务、地质灾害施工监理、地质灾害监测工作。

矿产资源综合利用研究中心。致力于矿产资源综合利用、地质实验测试技术方法、标准物质研制、地质大数据应用等领域的科学技术研究和成果推广应用。